ОСНОВНІ НАПРЯМКИ СПІВРОБІТНИЦТВА:
- надання вузами методичної допомоги в розробці та впровадженні навчальних програм, варіативної частини навчального плану;
- співавторство вчителів ліцею та науковців у написанні методичних посібників, проведенні олімпіад, конкурсів, змагань та інших видів позакласної роботи;
- проведення системної профорієнтаційної роботи;
- сприяння організації реклами освітніх послуг вищих навчальних закладів;
- організація довузівської підготовки учнів ліцею;
- вступ випускників Балаклійського ліцею до базових вищих навчальних закладів;
- залучення науковців до викладання спецкурсів (основи генетики, основи біотехнології, історія української літератури, окремі розділи фізики, основи економіки і менеджменту);
- надання допомоги учням при підготовці наукових робіт до МАН, здійснення наукового керівництва експериментальною роботою ліцеїстів;
- використання ліцеїстами фондів вузівських бібліотек;
- стажування окремих учителів на кафедрах вузів;
- надання бази ліцею студентам для проходження практики.
На сьогоднійшній день Балаклійський ліцей має такі зв'язки з ВНЗ:
- Харківський Національний аграрний університет ім.В.В.Докучаєва
- Національний технічний Університет "Харківський політехнічний інститут"
- Харківський Національний автомобільно-дорожний університет
- Харківський Національний аерокосмічний університет ім.М.Є.Жуковського
- Харківська академія міського господарства
- Харківський Національний технічний університет радіоелектроніки
- Харківський Національний університет ім. В.Н.Каразіна
- Харківський Національний педагогічний університет ім.Г.С.Сковороди
- Харківський Національний економічний університет
- Харківська Національна фармацевтична академія